1.腎結核 病程遷延數年以上，有腰痛、低熱、膿尿、血尿及膀胱刺激癥狀，與腎放線菌病癥狀相似。但多有肺結核病史，有明顯尿頻及終末血尿。血沉增快，連續尿沉渣涂片抗酸染色可發現抗酸桿菌。無放線菌集落形成的“硫黃顆粒”。尿路造影可見腎盞邊緣模糊，腎盞、腎盂擴張或不顯影。有時可有典型的攣縮膀胱以及對側腎積水表現。膀胱鏡檢查可見結核結節或淺表性黏膜潰瘍，活檢可發現結核桿菌。
2.慢性腎盂腎炎 也表現為反復的尿頻、尿急、膿尿、血尿、腰痛、發熱癥狀。尿液檢查有蛋白及膿細胞。尿路造影可發現腎盂、腎盞變形及腎實質萎縮。與腎放線菌病癥狀有相似之處，但本病有明顯的慢性腎功能不全表現。尿液檢查無“硫黃顆粒”，中段尿細菌培養陽性。X線檢查表現為腎臟縮小，腎邊緣不規則，腎盂腎盞不規則變形、扭曲。
3.腎周圍炎和腎周圍膿腫 有時也表現為發熱、腰痛，伴消瘦、乏力，與慢性化膿性病變相似。但腎周圍炎和腎周圍膿腫患者有腰椎向患側彎曲，肢體活動受限，腎區叩痛極為明顯。CT可以顯示腎周有低密度的腫塊，腎內腎盂腎盞可正常。膿腫穿刺抽出膿液中無“硫黃顆粒”。
4.膿腎 慢性病程型主要表現為反復發作的腰痛，常伴盜汗、貧血和消瘦，與慢性化膿性病變相似。但膿腎患者尿液常規檢查有大量膿細胞，尿液培養陽性而無“硫黃顆粒”。
5.腎腫瘤 有時可表現為低熱、消瘦、乏力等慢性消耗性表現。體格檢查時可捫及腎臟腫塊。尿路造影可見腎盂、腎盞受壓、變形，與本病增殖型病變所致者極為相似。但有間歇性無痛性肉眼血尿，明顯腰痛，腎區觸及進行性增大之腫塊。腎動脈造影可見迂曲而不規則的腫瘤血管。B超檢查、CT、MRI檢查均提示腫瘤影像。
6.陰莖梅毒(硬下疳) 陰莖頭潰瘍很難與本病鑒別。但本病多有性病接觸史，潰瘍滲出液作暗視野檢查，可查得梅毒螺旋體。血清熒光抗體暗視野呈陽性反應。
7.滴蟲性膀胱炎 也表現為反復的尿頻、尿急，膿尿伴有血尿。但患者尿道分泌物及尿液中可找到滴蟲，找不到“硫黃顆粒”。
8.慢性膀胱炎 也表現為反復的尿頻、尿急，膿尿伴有血尿。但尿常規檢查有白細胞，中段尿細菌培養陽性，尿中沒有“硫黃顆粒”。膀胱鏡檢查膀胱內雖有炎癥改變，但活組織檢查找不到顆粒狀菌落。
9.膀胱結核 也表現為反復的尿頻、尿急，膿尿伴有血尿。但同時有肺結核和腎結核病史。尿沉渣涂片抗酸染色可發現抗酸桿菌，但尿液中無“硫黃顆粒”。IVU可見腎積水和腎實質破壞性改變。膀胱鏡檢查可見結核結節或淺表性黏膜潰瘍，活檢可發現結核桿菌，可與之鑒別。
