非金黃色葡萄球菌敗血癥性休克：可有發熱，休克等臨床表現，且也可伴有幾個器官損害，極易與本征混淆;血培養為非金黃色葡萄球菌。
中毒性猩紅熱：可有發熱、皮疹、楊梅舌等臨床表現，也極易與本征混淆;但本病為乙型溶血性鏈球菌感染所致，咽拭子培養可獲陽性結果。
鉤端螺旋體病：可有發熱、全身肌痛.頭痛、嘔吐、肝腎功能不良等等臨床表現，應與本征相鑒別。血液中可分離出病原體。
粘膜皮膚淋巴結綜合征：可有發熱、結膜充血、皮疹、恢復期脫皮、毒性癥狀等，提示可能為共同病原。
溶血性尿毒性綜合征：可有發熱、嘔吐、腹瀉、抽搐或昏迷、腎功能障礙等臨床表現，與本征有相似之處;有重度的微血管病性溶血性貧血及凝血機制障礙。
食物中毒：出現惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等消化道癥狀，有攝入含有細菌或細菌毒素的食品的病史。
流行性出血熱：發熱(38～40℃)、三痛(頭痛、腰痛、眼眶痛)以及惡心、嘔吐、胸悶、腹痛、腹瀉、全身關節痛等癥狀，病原學或血清學檢驗獲陽性結果。
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