在鑒別診斷方面：
1.主要與11β羥化酶缺乏癥(11β-OHD)鑒別 11β羥化酶(P450c11β)缺乏是CAH第二位常見的類型，僅占5%～8%。在人群中其發病率1/1萬。
當CYP11B1基因缺陷時，導致11β-OHD所致CAH，腎上腺11-脫氧皮質醇(S)不能轉變為皮質醇(F)，脫氧皮質酮(DOC)不能轉變為皮質酮(S)，最終不能合成Aldo，致使血DOC及S濃度增高，DOC也是較強的潴鈉激素，可引起高血鈉，低血鉀，高血壓，堿中毒，通過反饋作用，腎素-血管緊張素受抑制，使Aldo合成減少，血PRA及Aldo水平下降。由于皮質醇合成受阻，可出現腎上腺皮質功能減低癥狀，ACTH水平增加，雄激素即DHEA、△4-A、睪酮、尿17-KS水平增高，出現類似21-OHD的高雄激素癥狀和特征。
2.失鹽型21-OHD 與慢性腎上腺皮質功能不全(hypoadrenocorticism，Addison病)鑒別，Addison病有失鹽、皮質醇減低、性激素降低，無男性化癥狀，且17-OHP正常。
3.單純男性化型CAH與下列疾病鑒別
(1)男性者應與真性性早熟鑒別：外生殖器形態類似，但后者睪丸和陰莖同時增大，接近青春發育，17-KS及睪酮達青春期水平，但17-OHP正常，FSH，LH增高。
(2)女性該型CAH需與真兩性畸形鑒別，雖外生殖器均可男性化，但后者血17-KS與睪酮等雄激素水平可正常。
(3)腎上腺雄性化腫瘤：出生后雄性化癥狀逐漸發展，血雄激素水平可增高，17-OHP正常，B超或CT可發現一側腎上腺腫塊。
4.女性非典型21-OHD與多囊性卵巢綜合征鑒別 后者多發生于生育年齡婦女，具有高雄激素癥狀和體征，且有胰島素抵抗現象;B超顯示有多個卵巢囊腫。
5.先天性腎上腺發育不全、出血、鈣化可有暫時失鹽表現，但外生殖器正常，尿中17KS及17OHCS排泄量正常，血17OHP正常。
6.真性性早熟 21羥化酶↓非失鹽型男性及11β羥化酶↓男性均可有巨大陰莖，但是睪丸小與之不成比例可與真性性早熟區別。但是經過激素治療后，性激素水平下降，下丘腦釋放大量促性腺激素可出現真性早熟，應用LHRH-A治療之。
7.真兩性畸形 根據外陰表現、腹部B超、血染色體核型、血中激素、電解質等。
8.睪丸女性化 完全型：血染色體核型為46XY、女性外陰、短陰道、查不到子宮;部分型，睪酮受體部分缺乏致睪酮作用受損，可出現男性化不全，睪酮與雙氫睪酮之比由正常8~16增高達35，可查血中有關激素區別之。
9.46XX男性綜合征 外陰可表現為假兩性畸形或男性化不全，由于Y染色體與常染色體易位所致，可查體內Y小體及有關激素區別之。
10胃腸道疾病
失鹽型患者于出生后早期出現嘔吐、脫水等癥狀時，應注意與幽門狹窄及腸梗阻等胃腸道疾病相鑒別，尤其是男性患兒，如經補液而低血鈉、高血鉀不易糾正者應予注意。
11.多毛癥
可導致多毛的其他情況主要有多囊卵巢綜合癥(PCOS)、庫欣綜合征、卵巢腫瘤、高泌乳素血癥、特發性多毛癥和腎上腺腫瘤等。PCOS的發病年齡高峰在20~40歲。一般初潮正常，起病后閉經或月經失調不孕、肥胖、多毛，與成年型輕型CAH的鑒別一般不難。庫欣綜合征一般都有明顯的皮質醇增多癥狀，血皮質醇水平增高。高泌乳素血癥伴去氫異雄酮硫酸鹽(DHEAS)增多，有泌乳及閉經，偶有多毛。血泌乳素(PRL)增高，黃體生成素(LH)、卵泡刺激素(FSH)正常或升高。
卵巢腫瘤多毛由雄激素過多所致，產生雄激素的卵巢腫瘤有卵巢男胚瘤、門細胞瘤和卵巢殘余腎上腺組織腫瘤。臨床表現為月經量少、無排卵，繼而閉經，乳腺及外生殖器萎縮等雌激素缺乏癥狀和多毛癥。陰蒂肥大，聲音低，痤瘡，肌肉發達及異性性早熟等。化驗血睪酮增高。盆腔鏡、B超及CT可確定腫瘤存在。
特發性多毛癥病因不明，有多毛癥、肥胖，除月經紊亂外不伴有其他男性化癥狀，腎上腺和卵巢沒有特異性病變。血中各種雄激素及其相關聯的中間代謝產物正常或稍升高，睪酮/E2比值升高。腎上腺雄激素分泌亢進，對ACTH刺激反應高于正常，小劑量DXM可抑制。血中17-OHP、皮質醇、睪酮、DHT均增高。
12.早熟性生殖器巨大畸形和體質性性早熟或下丘腦性性早熟
CAH睪丸小為其特征，而早熟性生殖器巨大畸形和體質性性早熟或下丘腦性性早熟睪丸增大，與其他性器官發育相稱，且有精子，血睪酮FSH、LH水平升高達青春期正常男孩。
