本病的病因需考慮以下的幾個因素：
(一)牙源性頜骨囊腫源性頜骨囊腫發生于頜骨而與成牙組織和牙有關。根據其來源不同，分為以下幾種：
1、根尖囊腫是由于根尖肉芽腫、慢性炎癥的刺激，引起牙周膜內的上皮參殘余增生。增生的上皮團中央發生變性與液化，周圍組織液不斷滲出，逐漸形成囊腫，故亦可稱根尖周囊腫。
2、始基囊腫始基囊腫發生于成釉器發育的早期階段，牙釉質和牙本質形成之前，在炎癥或損傷刺激后，成油器的星網狀層發生變性，并有液體滲出，蓄積其中而形成囊腫。
3、含牙囊腫含牙囊腫又稱過濾泡囊腫，發生于牙冠或牙根形成之后，在縮余釉上皮與牙冠面之間出現液體滲出而形成含牙囊腫。可來自1個牙胚(含1個牙)，也來自多個牙者。含牙囊腫是最常見的牙源性頜骨囊腫之一，占18%，僅次于根尖囊腫。
4、牙源性角化囊腫角化囊腫系來源于原始的牙胚或牙板殘余，有人認為即始基囊腫。角化囊腫有典型的病理表現，囊壁的上皮肌纖維包膜均較薄，在囊壁的纖維包膜內有時含有子囊(或稱衛星囊腔)或上皮島。囊內為白色或黃色的角化物或油脂樣物。占牙源性頜骨囊腫的9.2%。
(二)非牙源性囊腫 非牙源性嫩中是由胚胎發育過程中殘留的上皮發展而來，故亦稱非牙源性外胚葉上皮囊腫。
1、球上頜囊腫發生于上頜側切牙與尖牙之間，牙常被排擠而移位。X線片上顯示囊腫陰影在牙根之間，而不在根尖部位。牙無齲壞變色，牙髓均有活力。
2、本腭囊腫位于切牙管內或附近(來自切牙管殘余上皮)。X線片上可見到切牙管擴大的囊腫陰影。
3、正中囊腫位于切牙孔之后，腭中縫的任何部位。X線片上可見縫間有圓形囊腫陰影。亦可發生于下頜正中線處。
4、鼻唇囊腫位于上床底和鼻前庭內。可能來自鼻淚管上皮殘余。囊腫在骨質的表面。X線片上骨質無破壞現象。在口腔前庭外側可捫出囊腫的存在。
