是杉科水杉屬植物中最名貴的品種。具有"祛風燥濕，活血止痛"的功效。葉片及果實具有清熱解毒，消炎止痛的功效。現代藥理學研究表明，其含有的多種黃酮類化合物，具有抗心肌缺血、心律失常和心肌肥厚等作用。
據《中國中藥資源志要》記載,水杉葉、種子有清熱解毒、消炎止痛之功效,用于癰瘡腫痛、蘚瘡等癥;《名醫別錄》將其列為中品,謂煮湯洗,可治臁瘡;《本草綱目拾遺》載杉木油治一切頑癬。另外，其種子揮發油對8種植物病原真菌均有一定的抑制作用，在園林植物配置中，可不同程度減少預防同園植物部份病害的發生。其葉片、種子揮發油中含有的多種活性成分及抗菌作用，不管是在醫藥化工還是農業應用等方面，都有著廣闊的應用前景。
紅豆杉中含有的紫杉醇，具有獨特的抗癌機制和較高的抗癌活性，能阻止癌細胞的繁殖、抑制腫瘤細胞的遷移，被公認是當今天然藥物領域中最重要的抗癌活性物質。據專家介紹，紫杉醇不溶于水或酒精之類溶解物，它的淬取技術非常復雜、加工程序十分嚴密，直接使用紅豆杉樹皮或根莖是不能治病的。
不要隨意進食紅豆杉。有些群眾遇到感冒發熱時，會擷取些許紅豆杉枝葉煲水飲用，試圖治病。專家提醒，這種做法是錯誤的，目前紅豆杉的醫療用途主要體現于從樹皮、根部、枝葉中提取紫杉醇制作抗癌類藥物，直接服食紅豆杉并沒有明顯醫療效果。2002年，衛生部就禁止將紅豆杉作為保健食品和食品原料使用。人一旦誤食紅豆杉，則有可能出現頭昏、瞳孔放大、惡心、嘔吐、肌無力等癥狀，嚴重者甚至會導致死亡。
