夫妻雙方或一方，患有較為嚴重的遺傳性疾病或傳染性疾病，都不建議做試管嬰兒，如先天性冠心病、重度肝炎、艾滋病確診患者或病菌攜帶者等，因為遺傳疾病有較大的概率會遺傳給胎兒，而先天性遺傳疾病又很難治愈，所以不建議此類疾病患者嘗試試管嬰兒，女方如有嚴重的婦科病，尤其是卵巢功能異常，建議治療痊愈后再做食管嬰兒。存在嚴重的臟器功能異常，例如嚴重的先天性心臟病、重癥肝炎、尿毒癥等疾病的患者，由于機體各方面功能相對低下，很難耐受促排卵治療、手術取卵等臨床治療，更是很難耐受妊娠的過程。這種情況下，助孕妊娠已危及患者的生命安全，所以對于此類患者禁忌做試管嬰兒。雙方如果處于急性或者慢性傳染病活動期，是不適合做試管嬰兒的。因為此時病原體在體內活動增殖，不僅影響身體的基本健康狀況，生殖細胞的質量也會受到損害，不僅大大降低了試管嬰兒的成功率，而且很難獲得健康的后代。