引發手足口病的原因主要是病毒感染。

許多病毒都能導致手足口病。A16型柯薩奇病毒是最常見的類型，另外還有其他類型的柯薩奇病毒A株或腸道病毒71型也可引起手足口病。柯薩奇病毒屬于腸道病毒。脊髓灰質炎病毒、柯薩奇病毒和埃可病毒是腸道病毒。感染部位為整個消化道，包括口腔，通過污染的食物、飲料、水果等途徑進入體內，并在腸道內增殖。