治療巧克力卵巢囊腫的方法，首先是中藥治療，這種方法副作用小。其次是西藥治療，屬于比較常用的治療方法，要控制好藥物劑量。再者是手術治療。

1.中藥治療

中藥治療屬于目前臨床上比較常用的方法，中藥治療具有副作用小的優點，而且用藥十分方便。也不需要住院，疼痛的風險比較小，還不會影響自己的工作和生活。

2.西藥治療

西藥也是比較常見的。巧克力卵巢囊腫處于早期，發現的患者尚未出現實質性病變，而在早期，借助科學的方法對癥用藥，通常是能夠取得很好的治療效果。然而，一定要控制用藥的劑量，否則有可能給患者帶來更大的副作用，損害患者的身體健康。所以，對巧克力卵巢囊腫這種不良癥狀的誘因有詳細的了解，對治療巧克力卵巢囊腫也很重要。

3.手術治療

手術治療是治療巧克力卵巢囊腫這種不良癥狀比較有效的方法。如果病人借助藥物治療并沒有取得明顯的療效，或者巧克力卵巢囊腫病情出現了加重的情況，用外科手術治療通常可以取得較為滿意的治療效果。