一般情況下，肛門囊腫需要通過手術切除病變組織，術后配合中藥進行長期康復治療，以減少囊腫復發或轉移的可能性，而且不會產生不良反應，達到完全治愈的效果。患者應多吃流質、少渣的食物，盡量不吃辛辣油膩的食物，保持正常的消化系統功能，避免糞便對肛門及周圍皮膚的強烈刺激。平時要經常用溫水清洗肛門，尤其是便后要注意衛生。