引起肛門痛疼的疾病可根據其引起痛疼的原因不同分為兩類。
(1)肛門痛疼與排便有關者:
患者于排便時感覺有燒灼樣痛，排便后又出現周期性的劇烈痛疼，常常持續十分鐘至數小時，這種情況多數是由肛裂引起的。
患者有內痔脫垂的歷史，痛疼多由排便后內痔不能回縮，引起局部水腫及持續性痛疼，這種情況多數是絞窄性內痔。
患者感覺排便時肛門某一側針刺樣痛疼，排便后數分鐘，痛疼會自然消失者，多屬肛隱窩炎。
排便時突然發生痛疼，肛門邊皮一側出現紫黑色圓形腫塊，水腫嚴重者腫塊發亮，并伴有持續性痛疼，應考慮是血栓性外痔。
(2)肛門痛疼與排便無關者：
肛門周圍不明原因出現紅腫，并伴有發熱等全身癥狀，肛門周圍及肛管內脹疼、跳疼，并不斷加重，有時肛門周圍還可觸到腫塊者，有的還有下墜感，多半是肛門周圍感染引起的癥狀。
如有長期持續、不斷加重的肛門痛疼，并伴有下墜感和大便次數增多，偶而可摸到肛門內不規則的硬塊，應懷疑肛管癌的發生。
還有少數肛門痛疼是由異物引起，有人誤食雞骨、魚刺、帶殼的瓜子，嵌頓于肛管，會出現肛門部突然痛疼，大便時痛疼加重。也有個別情況異物是由肛門推入。
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