細菌代謝胞外酶將含糖量、蛋白等生物大分子營養元素溶解為單糖、小肽或碳水化合物，隨后消化吸收進到菌體，再經空氣氧化或胞內酶溶解產生菌體可運用的成份，此謂病菌的吸收代謝。病菌以營養成分原材料及微生物空氣氧化造成的動能，生成菌體及相對的新陳代謝產的，此謂合成代謝。

細菌在溶解和合成代謝里能造成多種多樣新陳代謝物質，在細菌的評定及生化反應中有現實意義。

（一）吸收代謝物質的檢驗

細菌的吸收代謝物質因各種各樣病菌具有的酶不完全一致，而有一定的差別。各新陳代謝物質可根據生物化學實驗的方式檢驗，一般稱之為細菌的生物化學的反映。

（1）糖發醇實驗：病菌對各種各樣糖的溶解工作能力及新陳代謝物質不一樣，可進而辨別病菌。一般非病原菌能發醇多種多樣單糖，如大腸桿菌能溶解葡萄糖有乳清蛋白，造成苯甲酸等物質，并有苯甲酸解氫酶，可將其溶解為CO2和H2，故生化反應結果為產酸脹氣，以“牙齦”表明。傷寒桿菌溶解葡萄糖產酸，但難解氫酶。故生物化學結果為產酸不產氣，以“”表明。傷寒桿菌及一般病原菌大多數不能分解乳清蛋白，以“-”表明。

（2）VP實驗：大腸桿菌與產氣桿菌均溶解葡萄糖牙齦，為區別兩菌可選用VP實驗及甲基紅實驗。產氣桿菌能使丙酮酸脫羧、空氣氧化（在堿性溶液中）轉化成二乙酰，后面一種可與含胍基的化合物反映，轉化成鮮紅色化合物，稱VP呈陽性。大腸桿菌溶解葡萄糖造成丙酮酸，VP呈陰性。

（3）甲基紅實驗：產氣桿菌使丙酮酸脫羧后產生中性化物質，細胞培養液pH＞5.4，甲基紅指示劑呈橙黃色，為甲基紅實驗呈陰性，大腸桿菌溶解葡萄糖造成丙酮酸，細胞培養液偏酸pH＜5.4，指示劑甲基紅呈鮮紅色，稱甲基紅實驗（Methylredtest,MR）呈陽性。

（4）枸櫞酸鹽運用實驗（Citrateultiliazationtest）:能運用枸櫞酸鹽做為唯一氮源的病菌如產氣桿菌，溶解枸櫞酸鹽轉化成硫化物，另外溶解培養液的氨鹽轉化成氨，從而使培養液變成偏堿，使指示劑溴麝香草酚藍（BTB）由淺綠色變為深藍色，此為枸櫞酸鹽運用實驗呈陽性。

（1）吲哚實驗（Indoltest）：帶有谷氨酸酶的病菌（如大腸桿菌、變形桿菌等）可分解谷氨酸轉化成吲哚，若添加二甲基羥基苯甲醛，與吲哚融合，產生玫瑰花吲哚，呈鮮紅色，稱吲哚實驗呈陽性。

（2）氯化氫實驗：變形桿菌、乙型肝炎副傷寒桿菌等能溶解含硫氨基酸如胱氨酸、甲硫氨酸等，轉化成氯化氫。在有醋酸鉛或硫酸鋁存有時，則轉化成灰黑色硫化鉛或硫化亞鐵，可進而辨別病菌。