病菌在其物質新陳代謝全過程中，除運用各種各樣營養元素生成菌體和造成動能外，還可
（一）溶解物質
1.糖溶解物質病菌溶解糖原后，能夠造成檸檬酸（關鍵為乳酸菌、冰醋酸、丙酮酸、酪酸等）、汽體（關鍵為CO2、H2和沼液等）和醛類。
2.蛋白質溶解物質病菌運用各種各樣胰蛋白酶溶解蛋白，其最終物質包含檸檬酸、丙烯胺、靛栽培基質、氯化氫、碳醇、CO2和氫等。
（二）生成物質
這兒特指的生成物質，就是指菌體成份之外的別的生成物質。
（1）熱原質：大部分為革蘭陰性菌生成的菌體脂多糖。引入身體或小動物身體能造成發熱反映，故名熱原質。
（2）內毒素和侵蝕性酶：病菌造成內毒素，包含毒素累積和外毒素。毒素累積為草蘭陰性菌的脂多糖。外毒素是革蘭陽性菌造成的蛋白，毒副作用強且有高寬比的可選擇性。一些病菌還能造成具備侵蝕性的酶，如大豆卵磷脂酶、透明質酸酶等。內毒素和侵蝕性酶在病菌高致病中頗為關鍵。
（3）黑色素：有水溶黑色素（銅綠假單胞菌的黑色素）和脂溶性黑色素（橙黃色葡萄球菌的黑色素）。不一樣病菌造成不一樣的黑色素，在辨別病菌上帶一定實際意義。
（4）抗生素：是由一些微生物菌種新陳代謝全過程中造成的、能抑止或殺掉另一些微生物菌種和腫瘤細胞的少量生物活性物質。
（5）病菌素：一些病菌菌株造成的一類具備抑菌功效的蛋白，病菌素功效范疇狹小，僅對與造成這種病菌素的病菌有近緣關聯的病菌才可以起功效，如沙門氏菌素、綠膿菌素、形變菌素和弧菌素等。
