腸道菌群失調(diào)（dysbacteriosis）就是指機(jī)體某位置一切正常有益菌中各菌苗間的占比產(chǎn)生較大幅轉(zhuǎn)變而超過(guò)一切正常范疇的情況，從而造成的癥狀，稱之為腸道菌群失調(diào)癥或有益菌更替癥（microbialselectionandsubstitution）。腸道菌群失調(diào)時(shí)，多造成二重感染或重合感染（superinfection），即在原發(fā)性感染的醫(yī)治中，發(fā)生了另一種新病原菌的感染。腸道菌群失調(diào)的產(chǎn)生常見(jiàn)于應(yīng)用抗生素和漫性活動(dòng)性肝炎等。

臨床醫(yī)學(xué)上長(zhǎng)期性很多運(yùn)用抗真菌藥物后，大部分敏感菌和一切正常有益菌被抑止或消滅，但耐藥菌則得到存活優(yōu)點(diǎn)而很多繁育發(fā)病，如抗藥性橙黃色葡萄球菌造成腹瀉、敗血癥，對(duì)抗生素不比較敏感的白假絲酵母菌造成鵝口瘡、陰道炎、腸胃和肛門口感染。

依據(jù)失衡的水平分成三度：

（一）一度失衡：只有從病菌定量分析查驗(yàn)上發(fā)覺(jué)其轉(zhuǎn)變，臨床醫(yī)學(xué)上無(wú)顯著主要表現(xiàn)。在發(fā)病原因終止后，沒(méi)經(jīng)醫(yī)治可自主修復(fù)。

（二）二度失衡：除去發(fā)病原因后不可逆。在臨床醫(yī)學(xué)上主要表現(xiàn)為慢性結(jié)腸炎、漫性腎盂腎炎、漫性口腔炎或咽峽炎等。

（三）三度失衡：原先的一切正常有益菌絕大多數(shù)被抑止，僅有在其中的極少數(shù)菌苗變成優(yōu)點(diǎn)菌，出現(xiàn)亞急性臨床癥狀，乃至病況危險(xiǎn)。如難分梭狀芽胞鏈球菌造成的抗菌藥關(guān)聯(lián)性腹瀉（抗菌藥關(guān)聯(lián)性腸炎、偽膜性腸炎）及其真菌性腸炎等。又被稱為有益菌更替癥或二重感染。

三度腸道菌群失調(diào)如果是產(chǎn)生在住院治療期內(nèi)，且與住院治療后應(yīng)用抗菌藥相關(guān)，則歸屬于院中感染；如果是患者在院外運(yùn)用了很多抗菌藥，住院后出現(xiàn)了三度腸道菌群失調(diào)，則不屬于院中感染。