一、病原學檢查
1.糞便檢查：從糞便中查到滋養體或包囊是臨床常用的簡單可靠的診斷方法。是最常用的方法，分為直接涂片法和濃集法兩大類。
1)急性期或間斷發作期 本期病員糞便多呈水樣或糊狀，滋養體極易死亡而趨崩解，所以檢查時應取新鮮標本做濕涂片(生理鹽水)，為了保持滋養體的活力，送檢的標本應注意保溫。鏡下觀察多可見到處于活躍運動狀態的滋養體，依此據即可做出診斷。(2)亞急性期或慢性期：此期病員糞便已基本成形，內含包囊，一般采用2%的碘液直接涂片法即可確診。為提高檢出率，亦可采用硫酸鋅浮聚或醛-醚濃集等方法。由于包囊排出具有間斷性，采用隔日查一次，連續查三次的方法，可大大提高檢出率。
2)亞急性期或慢性期：此期病員糞便已基本成形，內含包囊，一般采用2%的碘液直接涂片法即可確診。為提高檢出率，亦可采用硫酸鋅浮聚或醛-醚濃集等方法。由于包囊排出具有間斷性，采用隔日查一次，連續查三次的方法，可大大提高檢出率。
2.小腸液檢查：臨床疑有本病而糞便中未查到蟲體時可進行十二指腸引流或膽汁鏡檢。但此法病人較痛苦，不易接受，現多采用膠囊法。具體做法是：禁食后囑患者吞下一個裝有尼龍線的膠囊，線的末端經膠囊一端的小孔引出并沾在患者口外側。吞下的膠囊在體內溶解后，尼龍線在體內自動松開、伸展，經3～4小時可達十二指腸和空腸。腸內若有滋養體，便可隨腸液一起粘附于尼龍線上。緩緩拉出尼龍線，取線上的粘附物鏡檢，若查到滋養體，即可確診。 3)小腸活組織檢查：對糞便和小腸液檢查均顯示陰性的可疑病例，可利用內窺鏡在小腸Treitz韌帶附近摘取粘膜組織，進行壓片初檢，或固定后，用Giemsa染色。染色的賈第蟲著紫色，腸上皮細胞呈粉紅色，依此可將二者鑒別開來。此法簡便易行，效果好，病人容易接受。
3、小腸活組織檢查：對糞便和小腸液檢查均顯示陰性的可疑病例，可利用內窺鏡在小腸Treitz韌帶附近摘取粘膜組織，進行壓片初檢，或固定后，用Giemsa染色。染色的賈第蟲著紫色，腸上皮細胞呈粉紅色，依此可將二者鑒別開來。此法簡便易行，效果好，病人容易接受。
二、免疫診斷
1)酶聯免疫吸附試驗(ELISA)：檢測賈第蟲病敏感性高特異性強，IgG抗體的陽性率為71.1%～98.9%，具有快速、客觀、操作簡便等優點。不需要復雜設備和特殊試劑，是診斷賈第蟲病比較好的方法。缺點是該試驗特異性與重復性尚不理想。
2)間接血凝(IHA)試驗：是一種廣泛應用的血清學診斷方法，具有敏感性高，操做簡便，快速。
3)間接熒光抗體試驗(IFAT)：陽性率比IHA高，達66%～97%，有癥狀者IFAT陽性率比無癥狀者，在診斷賈第蟲病方面有很強的特異性，無假陽性反應。但操作過程較為煩瑣，并且需要特殊的熒光顯微鏡。
4)對流免疫電泳(CIE)試驗：是檢測賈第蟲病患者糞內抗原的有效方法、具有快速、準確、簡便、不需要大型儀器設備特殊試劑等優點，其特異性較強，但其敏感性較ELISA與IFAT法為低。
