基于發病率與手術方式的需要，造釉細胞瘤主要需與牙源性角化囊腫及其他非角化囊腫鑒別。非角化囊腫如含牙囊腫、根尖囊腫、殘余囊腫及面裂囊腫等，這些囊腫從發病部位、內部結構及臨床表現等方面均有一定的特征性，與造釉細胞瘤鑒別不難。由于造釉細胞瘤與牙源性角化囊腫在發病部位、病變形態及生物學行為等方面在一定程度上有相似之處，且治療方法不同于其他非角化囊腫，因此二者的鑒別是頜骨囊性病變鑒別診斷的重點和難點。
造釉細胞瘤的侵襲性高于角化囊腫，造成周圍骨質破壞的范圍大于角化囊腫且易侵及周圍軟組織。造釉細胞瘤造成的牙根吸收多呈鋸齒狀或截斷狀，造成鄰牙脫落者常見;角化囊腫的牙根吸收多呈斜面狀，較少造成鄰牙脫落。造釉細胞瘤多為囊實混合性，不規則厚壁，囊壁可見乳頭狀突起或壁結節;角化囊腫為純囊性，均勻薄壁。多房造釉細胞瘤分房大小不一，其房間隔常由軟組織及少量骨性成分組成，且較厚;角化囊腫的分房大小近似，房間隔纖細、完整，且較薄。造釉細胞瘤囊性部分的MR信號多為長T1、長T2信號，有時囊內出血可見短T1信號;角化囊腫的囊內容物因富含角化蛋白及固態膽固醇結晶，其T2信號明顯低于造釉細胞瘤，此征象被認為是區別二者囊液性質的重要特征。無論CT或MR增強檢查，造釉細胞瘤的囊壁、分隔、乳頭狀突起及壁結節均明顯強化;角化囊腫的囊壁及分隔無強化。
