一、亞急性甲狀腺炎發病原因
尚未完全闡明，一般認為和病毒感染有關。證據有：
1.發病前患者常有上呼吸道感染史，
發病常隨季節變動、且具有一定的流行性。
2.患者血中有病毒抗體存在
抗體的效價高度和病期相一致)，最常見的是柯薩奇病毒抗體，其次是腺病毒抗體、流感病毒抗體、腮腺炎病毒抗體等。雖然已有報告，從亞急性甲狀腺炎患者的甲狀腺組織中分離出腮腺炎病毒，但亞急性甲狀腺炎的原因是病毒的確實證據尚未找到。
另外，中國人，日本人的亞急性甲狀腺炎與HLA-Bw35有關連，提示對病毒的易感染性具有遺傳因素，但也有患者與上述HLA-Bw35無關。
二、發病機制
1、病毒感染
目前認為本病的病因多與病毒感染有關。因為常在本病發病前有上呼吸道感染病史，或感冒病史或腮腺炎病史等，患者可常有發熱、咽痛、周身不爽、乏力及肌肉酸痛等癥狀，且白細胞數不增多。從患者甲狀腺組織中可檢出腮腺炎病毒等，并且可治患者血中檢出多種病毒的抗體，如柯薩奇病毒、流感病毒、腺病病毒及腮腺炎病毒抗體等，少數無特殊感染史的患者可檢出其他病毒及抗體等，且其滴度的高低變化多與病程有關。
2、自身免疫性疾病
本病屬于自身免疫性疾病的看法也有存在，因為有報告35.1%～42.0%的患者可檢出抗甲狀腺抗原抗體和抗微粒體抗體，但其滴度都不高，很可能系亞急性甲狀腺炎損傷所致，尚不能肯定是其病因，只能說明在亞急性甲狀腺炎時存在有暫時性的免疫系統功能障礙，仍有待深入研究。
3、呈彌漫性或結節性腫大
甲狀腺可呈彌漫性或結節性腫大，可達正常大小一倍之多，但不會太大，切面可見透明膠質，散在有灰色病灶區。早期鏡下多有濾泡上皮細胞消失，局部上皮細胞及濾泡周圍間隙有中性炎細胞浸潤，甲狀腺上皮細胞可有變性與壞死。早期呈局灶性炎性反應，膠質減少。亞急性甲狀腺炎的典型病理變化為甲狀腺組織細胞圍繞膠原塊形成巨細胞，多數濾泡形成巨細胞，此時膠質明顯減少。以后濾泡上皮再生，巨細胞逐漸減少和消失，結果濾泡結構變異，不易識別。晚期炎癥逐漸減輕，并有淋巴細胞浸潤。恢復期濾泡再生及纖維化。病變可與結核結節相似，故可稱為假結核性甲狀腺炎，即pseudotuberculous thyroiditis。由于其病理變化之故，臨床上本病的病程中可發生甲狀腺功能亢進、或功能減退與功能正常表現，皆為暫時性。
